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伯杰氏鑒定手冊(cè)
伯杰氏鑒定手冊(cè)《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》(Bergey’s manual of systematic bacteriology(second edition,2004)
一本有代表性的、參考價(jià)值極高、比較全面系統(tǒng)的細(xì)菌分類手冊(cè)。由美國布瑞德(Breed)等人主編。1923年第1版，后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974年相繼出版了第2至第8版，每個(gè)版本都反映了當(dāng)時(shí)細(xì)菌學(xué)發(fā)展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14個(gè)國家的細(xì)菌學(xué)家參加了編寫工作，對(duì)系統(tǒng)內(nèi)的每一屬和種都做了較詳細(xì)的屬性描述。近年來，由于細(xì)胞學(xué)、遺傳學(xué)和分子生物學(xué)的滲透，大大促進(jìn)了細(xì)菌分類學(xué)的發(fā)展，使分類系統(tǒng)與真正反映親緣關(guān)系的自然體系日趨接近。第9版(1984，1986)中實(shí)質(zhì)性的變化，象征著細(xì)菌分類學(xué)的發(fā)展進(jìn)入新的階段。第一，手冊(cè)更名，原書名為《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology)，第9版由于內(nèi)容增加，范圍擴(kuò)大，提高了手冊(cè)的實(shí)用性，同時(shí)指出各類細(xì)菌間的關(guān)系，所以改名為《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》;第二，由1卷分成4卷，這是考慮到能及時(shí)反映新進(jìn)展和使用者的方便;第三，細(xì)菌在生物界的地位，8、9版間無變動(dòng)，但它們的高級(jí)分類單位有很大變化(見下表)，尤其嗜鹽細(xì)菌和產(chǎn)甲烷細(xì)菌，根據(jù)胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌門，古細(xì)菌綱;第四，趨近自然體系，在各級(jí)分類單位中全面應(yīng)用核酸研究;在表型特征的基礎(chǔ)上，以DNA資料給予決定性的判斷。使人為的分類體系過渡到自然體系的理想進(jìn)一步付諸實(shí)現(xiàn)。
細(xì)菌高級(jí)分類單位
原核生物界(Procaryotae)
薄壁菌門(Gracilicutes)
暗細(xì)菌綱(Scotobacteria)
無氧光細(xì)菌綱(Anoxyphotobacteria)
產(chǎn)氧光細(xì)菌綱(Oxyphotobacteria)
厚壁菌門(Firmicutes)
厚壁菌綱(Firmicuteria)
放線菌綱(Thallobacteria)
軟壁菌門(Tendericutes)
柔膜菌綱(Mollicuteria)
疵壁菌門(Mendosicutes)
古細(xì)菌綱(Archacobacter
伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)(2004版)
Bergey's manual of systematic bacteriology (second edition,2004)
伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)
伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)"第二版的分類?
伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)(2004版)
Bergey's manual of systematic bacteriology (second edition,2004)
伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)
第二版的系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)，包括五冊(cè)，共30sections，主要根據(jù)細(xì)菌的rRNA、DNA及蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分類。
第一冊(cè)為古細(xì)菌、藍(lán)綠藻菌、光合作用菌和具分支菌屬。
第二冊(cè)為Proteobacteria。
第三冊(cè)為G+C值低的革蘭氏陽性菌。
第四冊(cè)為G+C值高的革蘭氏陽性菌。
第五冊(cè)為Planctomycetes、Spirochaetes、Fibrobacters、Bacteroides、Fusobacteria。
從1984年第一版開始發(fā)行以來，細(xì)菌分類已取得了巨大進(jìn)展，新命名的種成倍增加、新描述的屬也在170個(gè)以上，尤其是80年代末以來，rRNA、DNA、蛋白質(zhì)序列分析方法日趨實(shí)用，因而為細(xì)菌的系統(tǒng)發(fā)育積累了不少新的資料。因此已經(jīng)有可能對(duì)其第一版進(jìn)行新的修訂。第二版預(yù)計(jì)分5卷出版，從已報(bào)導(dǎo)的資料看，它更多地依靠系統(tǒng)發(fā)育資料對(duì)細(xì)菌分類群的總體安排進(jìn)行了較大的調(diào)整。第二版將原核生物分為30組，5卷大致的內(nèi)容安排如下：?
第一卷：1～14組。包括古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌和最早分支的屬?
第二卷：15～19組。包括變形桿菌(屬革蘭氏陰性真細(xì)菌類)?
第三卷：20～22組。包括低G+C含量的革蘭氏陽性細(xì)菌?
第四卷：23組。包括高G+C含量的革蘭氏陽性細(xì)菌(放線菌類)?
第五卷：24～30組。包括浮霉?fàn)罹�、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌(屬革蘭氏陰性細(xì)菌類)?
有關(guān)系統(tǒng)手冊(cè)第二版的分類大綱見下表?
表 伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)第二版分類綱要
分類群 代表屬
一、古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌和最早分支的屬古生菌
嗜泉古生菌界(Crenarchaeota)
1 組 熱變形菌、硫化葉菌和嗜壓菌 熱變形菌屬(Thermoproteus)、硫化葉菌 屬(Sulfolobus)
廣古生菌界 (Euryarchaeota)
2 組 產(chǎn)甲烷菌 甲烷桿菌屬(Methanobacterium)
3 組 鹽桿菌 鹽桿菌屬(Halobacterium)、鹽球菌屬(Halococcus)
4 組 熱原體 熱原體屬(Thermoplasma)等
5 組 熱球菌 古生球菌屬(Archaeoglobus)、熱球菌屬(Thermococcus)
最早分支的屬
細(xì)菌(真細(xì)菌)
6 組 產(chǎn)液菌和有關(guān)的細(xì)菌 產(chǎn)液菌屬(Aquifex)、氫桿菌屬(Hydrogenobacter)
7 組 熱袍菌和地袍菌 熱袍菌屬(Thermotoga)、地袍菌 屬(Geotoga)、熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)
8 組 異常球菌 異常球菌屬(Deinococcus)
9 組 棲熱菌 棲熱菌屬(Thermus)、磁桿菌屬(Magnetobacterium)
10組 產(chǎn)金色菌 產(chǎn)金色菌屬(Chrisiogenes)
11組 綠屈撓菌和滑柱菌 綠屈撓菌屬(Chloroflexus)、滑柱菌屬(Herpetosiphon)
12組 熱微菌 熱微菌屬(Thermomicrobium)
13組 原綠藍(lán)細(xì)菌和藍(lán)細(xì)菌 原綠藍(lán)細(xì)菌屬(Prochloron) 、聚球藍(lán)細(xì)菌屬(Synechococcus)、顫藍(lán)細(xì)菌屬(Oscillatoria)、魚腥藍(lán)細(xì)菌屬(Anabaena) 、念珠藍(lán)細(xì)菌屬(Nostoc)、真枝藍(lán)細(xì)菌屬(Stigonema)等
14組 綠菌 綠菌屬(Chlorobium)、暗網(wǎng)菌屬(Pelodictyon)
二、變形桿菌
細(xì)菌
變形桿菌界 (Proteobacteria)
15組 α?變形桿菌 紅螺菌屬(Rhodospirillum)、立克次氏體屬(Rickettsia)、柄桿菌屬(Caulobacter)、根瘤菌屬(Rhizobium)、布魯氏菌屬(Brucella)、硝化桿菌屬(Nitrobacter)、甲基桿菌屬(Methylobacteriun)等
16組 β?變形桿菌 奈瑟氏菌屬(Neisseria)、產(chǎn)堿桿菌 屬(Alcaligenes)、亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)、嗜甲基菌屬(Methylophilus)、硫桿菌 屬(Thiobacillus)、伯克霍爾德氏菌屬(Burkholderia)等
17組 γ?變形桿菌 著色菌屬(Chromatium)、亮發(fā)菌屬( Leucothrix)、軍團(tuán)菌屬(Legionella)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、固氮菌屬(Azotobacter )、弧菌屬(Vibrio)、埃希氏菌屬(Escherichia)、克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、變形桿菌屬 (Proteus)、沙門氏菌屬(Salmonella)、志賀氏菌屬(Shigella)、伊爾森氏菌屬(Yersinia) 、嗜血桿菌屬(Haemophilus)
18組 δ?變形桿菌 脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)、蛭 弧菌屬(Bodellovibiro)、粘球菌屬(Myxococcus)、多囊菌屬(Polyangium)
19組 ε?變形桿菌 彎曲桿菌屬(Campylobacter)、螺桿菌屬(Helicobacter)
三、低G+C含量的革蘭氏陽性細(xì)菌
20組 梭菌和有關(guān)的細(xì)菌 梭菌屬(Clostridium)、消化鏈 球菌屬(Peptostreptococcus)、真桿菌屬(Eubacterium)、脫硫腸狀菌屬(Desulfotomaculum )、韋榮氏菌屬(Veillonella)等
21組 柔膜菌 枝原體屬(Mycoplasma)、尿原體屬(Ureaplasma)、螺原體屬(Spiroplasma)、無膽甾原體屬(Acholeplasma)
22組 芽孢桿菌和乳桿菌 芽孢桿菌屬(Bacillus)、顯核菌屬(Caryophanon)、類芽孢桿菌屬(Paenibacillus)、高溫放線菌屬(Thermoactinomyces)、乳桿菌屬( Lactobacillus)、鏈球菌屬(Streptococcus)、腸球菌屬(Enterococcus)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、利斯特氏菌屬(Listeria)
四、高G+C含量的革蘭氏陽性細(xì)菌
23組 放線桿菌綱(Actinobacteria) 放線菌屬(Actinomyces)、微球菌屬(Micrococcus)、節(jié)桿菌屬(Arthrobacter)、棒桿菌屬(C orynebacterium)、分枝桿菌屬(Mycobacterium)、諾卡氏菌屬(Nocardia)、游動(dòng)放線菌屬(A ctinoplanes)、丙酸桿菌屬(Propionibacterium)鏈霉菌屬(Streptomyces)、高溫單孢菌屬( Thermomonospora)、弗蘭克氏菌屬(Frankia)、馬杜拉放線菌屬(Actinomadure)、雙歧桿菌 屬(Bifidobacterium)
五、浮霉?fàn)罹⒙菪w、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌
24組 浮霉?fàn)罹�、衣原體和有關(guān)的細(xì)菌 浮霉?fàn)罹鷮?Planctomyces)、衣原體屬(Chlamydia)
25組 螺旋體 螺旋體屬(Spirochaeta)、疏螺旋體屬(Borrelia)、 密螺旋體屬(Treponema)、小蛇菌屬(Serpulina)、鉤端螺旋體屬(Leptospira)
26組 絲狀桿菌 絲狀桿菌屬(Fibrobacter)
27組 擬桿菌 擬桿菌屬(Bacteriodes)、卟啉單胞菌屬(Porphyromonas)、普雷沃氏菌屬(Prevotella)
28組 黃桿菌 黃桿菌屬(Flavobacterium)
29組 鞘氨醇桿菌、屈撓桿菌和噬纖維菌 鞘氨醇桿菌屬(Sphingobacterium)、屈撓桿菌屬(Flexibacter)、噬纖維菌屬(Cytophaga)
30組 梭桿菌 梭桿菌屬(Fusobacterium)
第二版更多地采用核酸序列資料對(duì)分類群進(jìn)行新的調(diào)整，無疑這是細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育分類的重大進(jìn)展，但另一方面，我們也應(yīng)看到：在某些類群中，由于序列特征與某些重要的表型特征相矛盾，這將給主要按表型特征進(jìn)行細(xì)菌鑒定帶來新的困難，如何解決這些問題 ，有待進(jìn)一步研究。
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