植物基因轉(zhuǎn)錄起始頻率分析

利用UniGene數(shù)據(jù)庫(kù)轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)據(jù),通過(guò)生物信息學(xué)方法,對(duì)已有全長(zhǎng)mRNA序列數(shù)據(jù)的基因進(jìn)行其轉(zhuǎn)錄本5'端序列的比對(duì),獲得該基因編碼區(qū)前所有轉(zhuǎn)錄本的啟始位點(diǎn)信息.通過(guò)7種植物17437個(gè)基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因組水平上)的區(qū)間內(nèi)轉(zhuǎn)錄啟始,轉(zhuǎn)錄頻率分布基本呈正態(tài)分布.為此我們研發(fā)了基因轉(zhuǎn)錄啟始頻率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析獲得的數(shù)據(jù),建立了植物基因轉(zhuǎn)錄頻率數(shù)據(jù)庫(kù)(PIFdb,http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/).本研究分析基于該數(shù)據(jù)庫(kù)第2版(Release 2.0)的數(shù)據(jù).

作 者： 張揚(yáng) 徐國(guó)華 樊龍江 ZHANG Yang XU Guo-hua FAN Long-jiang   作者單位： 張揚(yáng),ZHANG Yang(浙江大學(xué)IBM生物計(jì)算實(shí)驗(yàn)室,浙江,杭州,310029)

徐國(guó)華,XU Guo-hua(浙江大學(xué),作物科學(xué)研究所,浙江,杭州,310029)

樊龍江,FAN Long-jiang(浙江大學(xué)IBM生物計(jì)算實(shí)驗(yàn)室,浙江,杭州,310029;浙江大學(xué),作物科學(xué)研究所,浙江,杭州,310029) 

刊 名： 浙江大學(xué)學(xué)報(bào)（農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版）  ISTIC PKU 英文刊名： JOURNAL OF ZHEJIANG UNIVERSITY(AGRICULTURE & LIFE SCIENCES)  年，卷(期)： 2006 32(2)  分類號(hào)： Q78  關(guān)鍵詞： 轉(zhuǎn)錄位點(diǎn)   轉(zhuǎn)錄起始頻率   UniGene   PIFdb   水稻   擬南芥  

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